一三八零年，“有人”告发宰相胡惟庸谋反，说他企图勾结东方大海中的日本，准备在宴会上杀掉朱元璋。朱元璋把胡惟庸剐了两千多刀，屠灭三族。十年后朱元璋的迫害狂又犯了，宣称发现已死了的胡惟庸的新阴谋和新同党，于是展开全面逮捕，连朱元璋最尊敬的开国元老，朱无璋的儿女亲家，七十七岁的李善长也包括在内，共杀死了二万余人。
朱元璋还煞有介事地为这次大屠杀编撰了一本书，名“奸党录”，附录李善长的供词，全国每个官吏人手一本，令其人人自危。
一三九三年，朱元璋发动第二次屠杀。“有人”告发大将蓝玉谋反，蓝玉下狱，在酷刑下“召认”准备发动兵变。蓝玉被凌迟处死，屠灭三族。根据“口供”，在灭绝人性的酷刑下，要什么口供就有什么口供的牵引，屠杀二万余人，其中有一个公爵，十三个侯爵，两个伯爵。刑场上的鲜血大概能汇成一条小溪了。朱元璋又为这次大屠杀编撰了一本书，名“逆党录”，昭告全国。
朱元璋两次大屠杀的对象，都是他初起兵时亲如手足的患难朋友。他们为朱元璋出生入死，当他们以为可以分享富贵时，却被朱元璋施以惨无人道的酷刑并殊连九族。这两次大屠杀不过是成批成批地死亡，事实上朱元璋每天都在屠杀。象皇太子的教师宋濂，是元末明初文才最为出众的人物，朱元璋尊称他是“圣人”，来往宫中如同一家，因他孙儿牵扯到胡惟庸案中，朱元璋翻脸不认人，昔日的上宾一眨眼就成了阶下囚。宋濂被贬窜到穷困的蛮荒，没几年就死在那里。
朱元璋最信任的智囊刘基，他对明王朝的功绩和诸葛亮对蜀汉帝国的功绩不相上下，但他的结局和诸葛亮不能相比，他的高度智慧使朱元璋浑身不自在，朱元璋将其毒死后再嫁祸到胡惟庸身上。平定云南的大将傅友德，父子同时绑赴刑场腰斩。平定广东的大将朱亮祖，父子同时惨死在钢鞭之下。大臣李仕鲁在金銮殿上表示辞职，朱元璋认为看不起他这个皇帝，当即命武士摔下殿堂，脑浆崩裂而死。在所有共患难的朋友中，只有三个人保全性命，没有被扣上谋反的帽子。
一是常遇春，一是徐达，一是汤和。常遇春运气最好，天下还没太平就早早地死掉。徐达的死和处决没啥分别，他患一种疽疮，最忌鹅肉。朱元璋偏偏送一碗鹅肉给他，并命送鹅肉的宦官在旁监视他吃掉，徐达一面吃一面流泪，当晚毒发身死。
只有汤和一人寿终正寝，因为他看上去傻乎乎的，不具备承载野心的智商。在朱元璋统治时期，朝中人人自危，每时每刻都担心飞来横祸，官员们每天早上入朝，即跟妻子诀别，到晚上平安归来，合家才有笑容。结果官员害怕白天，夜晚不上朝，皇帝也不处理公务，生存概率要大一些。
李善长是朱元璋的第二大谋臣和功臣，和朱元璋是儿女亲家。但朱元璋对他仍不放心，必欲去之而后快。恰好其弟李存义和胡惟庸联姻，朱元璋便借此大做文章，系指使坐罪胡惟庸案的亲信告发李存义曾交通胡惟庸谋反。
狱吏对李存义父子施以重刑，二人熬刑不过，只好按狱吏的主意“承认”是奉了李善长的指使，那时一班朝臣，希承意旨，联章交劾善长，统说是大逆应诛，一桩“谋反案”就此制造出来。此时朱元璋还要故作姿态，说李善长是大功臣，应法外施恩。
偏偏太史又奏言星变，只说此次占象，应在大臣身上，须加罚殛，于是太祖遂下了严旨，赐善长自尽。此时李善长已七十七岁，所有家属七十余人，尽行处斩。只有一子李琪，曾尚临安公主，得蒙免死，流徙江浦。既说占象应在大臣，则善长一死足矣，何必戮及家属多至七十余人，可见都是事先安排好做戏给人看的。外如吉安侯陆仲亨，延安侯唐胜宗，平凉侯费聚，南雄侯赵庸，江南侯陆聚，宜春侯黄彬，豫章侯胡美，即胡定瑞。荥阳侯郑遇春等，一并押赴刑场处斩。
又是再翻阅之际，又多看了两眼，再细看，只见新唐书上又言。来瑱，邠州永寿人。父曜，奋行间，开元末，持节碛西副大使、四镇节度使，著名西边，终右领军大将军。瑱略知收，尚名节，崖然有大志。天宝初，从四镇任剧职，累迁殿中侍御史、伊西北庭行军司马。诏举智谋果决、才堪统众者，拾遗张镐荐瑱能断大事，有御侮才，擢颍川太守，充招讨使。会母丧免，以孝闻。
安禄山反，张垍荐之，兴塊次，拜汝南太守。未行，改颍川。贼攻颍川，方积粟多，瑱完埤自如，手射贼，皆应弦仆。贼使降将毕思琛招之，父故将也，拜城下，泣且吊，瑱不应，前后俘杀甚众。贼惧，目为“来嚼铁”。以功就加防御使、河南淮南游弈逐要招讨使。徙山南东道节度使代鲁炅，会嗣号王巨表炅方固守，乃还瑱故官。贼围南阳急，瑱与魏仲犀合兵救之，不胜，人情恟惧，瑱能抚训士，举动安重，贼不得侵。改淮南西道节度。两京平，封颍国公，食二百户。
乾元二年，徙河西。未行，王师败于相州，诏拜陕虢节度，兼潼关防御团练镇守使。明年，襄州部将张维瑾等杀其使史翙，徙瑱山南东道襄、邓、均、房、金、商、随、郢、复十州节度使。既至，维瑾降。上元二年春，破史思明馀党于鲁山，俘贼渠，又战汝州，获马、牛、橐驼，凡两战，斩首万级。明年，诏瑱还，瑱安襄、汉，士亦宜其政，因讽众留己，而外示行；至邓，复诏归镇。肃宗闻其谋，恶之，吕諲、王仲昇等皆言“瑱得士心，不可以留’，乃改山南东道襄、邓、唐、复、随、郢六州节度。俄而仲昇与贼战申州，为贼禽。初，仲昇被围，而江陵吕諲病，瑱顾望不即救，及师出，仲昇已没。行军司马裴表其状，且言：“瑱善谋而勇，恐后难制，即除之，可一战禽也。”帝颇谓然，遂改瑱淮西申、安、蕲、黄、光、沔兼河南陈、豫、许、郑、汴、曹、宋、颖、泗十五州节度以宠之，阴夺其权，加襄、邓等七州防御使代瑱。瑱惧，释言“淮西无粮，须麦收可上道”，又讽众固留。
代宗立，复授襄州节度、奉义军渭北兵马使；密诏图之。自均州率众浮汉下。会日入，候者白瑱，瑱与帐下谋，其副薛南阳曰：“公奉诏留镇，而以兵胁代，是无名也。智勇非公敌，而众心不附。彼若乘我不虞，纵火夜攻，诚可忧也。若须明，则破之必矣。”明日，督军五千阵谷水北，瑱以兵迎之，呼其军，告曰：“尔何事来？”曰：“公不受命，故中丞伐罪。”瑱曰：“诏还镇此州。”乃以诏书示之。皆曰：“伪也。吾千里讨贼，岂空归邪？”争射之，瑱走旗下。薛南阳曰：“请公勒兵勿战。”乃以三百骑为奇兵，旁万山，出其背夹击之，其众几尽，脱身走，至申口，禽之，送京师。瑱因入朝谢罪，帝待之无疑，拜兵部尚书、同中书门下平章事，充山陵使。是时，程元振居中用事，疾瑱，乃告与巫祝言不顺。会王仲昇归，又言由瑱与贼合，故陷贼。帝积怒，遂下诏削除官爵，贬播川尉，员外置。及鄠，赐死，籍其家。瑱之死，门下客散去，掩尸于坎，校书郎殷亮独后至，哭尸侧，为备棺衾以葬。帝徐悟元振诬，以它罪流溱州。
先是，瑱行军司马庞充以兵二千戍河南，至汝，闻瑱死，乃还袭襄州，别将李昭御之，走房陵。昭与薛南阳、梁崇义不相臣，崇义杀昭，帝以崇义为节度使代瑱。既而为瑱立祠，四时致飨，避瑱厅事不处，哀祈礼葬，诏可。广德元年，追复官爵。
历史评价
张镐：“瑱有纵横之略，临事能断，堪当御悔之任。”
裴奰：“瑱善谋而勇。”
李豫：“来瑱，谬当任用，素乏器能，亟历班荣，累经节制。莅职蔑闻于成绩，登朝虚美于崇名。顷者分阃颁条，久淹江、汉。或频征不至，或移镇迟留，实乖堂陛之仪，爰及干戈之忿。”
刘昫等《旧唐书》：“瑱少尚名节，慷慨有大志，颇涉书传。”；“瑱善军政，得士心，庶几干城御侮者哉！始固名位，为裴奰巧言；终归朝廷，遭元振诬构。赐死之辜匪辨，用刑之道不明。致旧将立祠，门吏偷葬，出将入相，一至于斯，惜哉！”；③“鲁炅竭节，来瑱枉死。”
陈弘谋：“唐自中叶以后，方镇皆选列校以掌牙兵。是时四方豪杰，不能以科举自达者，皆争为之。往往积功以取旄钺。虽老奸巨盗，或出其中。而名卿贤将，如高仙芝、封常清、李光弼、来瑱、李抱玉、段秀实之流，所得亦已多矣。”